非法营运对方全责，保险公司是否会赔偿取决于具体情况。如果非法营运车辆在事故发生时没有购买合法保险或者超出了保险公司的承保范围，那么保险公司就不会进行赔偿。

但如果对方全责是由于非法的营运行为导致的，例如非法载客、超载等违法行为，那么保险公司可能会对对方的损失进行赔偿，但前提是必须符合相关法律法规和保险合同的规定。因此，具体的情况需要根据保险合同条款以及相关法律规定来判断。