在《云锦行宝珠纸鸢》结局中，宝珠纸鸢最终被小姑娘带回故乡，成为了小姑娘的宝物和记忆。而云锦则在助力小姑娘的过程中与她逐渐建立了深厚的友谊。两个人一同探索了神秘的宝珠纸鸢的世界，也一同学会了珍惜和信任。结局展示了友情和珍爱回忆的重要性。