办理商铺100万房产证，需要支付的费用包括房屋产权证代办费、经济适用房过户税费、土地转让费、公证费、税费等等。具体的费用涉及到很多方面，如房产交易价格、房屋面积、产权证方法等等，需要根据不同情况而异。一般情况下，房产证办理的费用并不便宜，可能需要几千元至几万元不等的费用。因此，建议在办理房产证时咨询专业机构或者律师，明确各项费用并做好费用预算。