在民事纠纷案件执行后，当事人之间仍然可以通过调解达成和解协议，但是需要注意的是，执行程序已经完成，调解协议只有在符合法律规定的前提下才能得到法律保护。

如果调解协议内容涉及到已执行的判决或裁定，需要经过法院的确认或者再审程序。因此，即使是已执行的案件，调解仍然可以是解决纠纷的一种方式，但需要遵循法律程序，并确保调解协议的法律效力。