大量酱油不合格的原因主要包括以下几点：

虚标钠含量：部分酱油产品标注的钠含量高于实际含量，这可能会导致消费者摄入过多的钠，从而引发各种慢性疾病。法规规定实际钠含量不能超过标注的120%，但有些产品的钠含量标注超过了140%。

菌落总数超标：酱油等调味品的菌落总数超标可能是因为企业在生产加工过程中未能严格控制卫生条件，或者产品包装密封不严、储运条件不当等原因导致的。生产环节、冷却包装环节以及运输储存环节的污染和消毒不彻底都可能导致菌落总数超标。

氨基酸态氮含量不达标：氨基酸态氮是酱油的重要品质指标，其含量反映酱油的质量。不合格的原因可能是由于大豆原料质量差、发酵时间短、工艺不符合要求或为降低成本而兑盐水稀释等。虽然不合格的酱油不会对健康造成直接影响，但商家出售不合格产品是欺骗消费者。

卫生指标不符合规定：除了氨基酸态氮含量问题，卫生指标菌落总数不符合规定也是常见的不合格原因。这可能与生产过程中的卫生控制不当有关。