上海理工大学研究生最好的专业是光学工程，排名第二的是动力工程及工程热物理。

排名第三的是管理科学与工程

还有一些相对的专业有：环境科学与工程、软件工程、工商管理、公共管理、物理学、电气工程、交通运输工程、食品科学与工程。