抖店运费险的扣费是每笔订单按照订单金额的比例进行扣费的。

具体来说，购买运费险时，用户需要支付一定比例的保费，保费的金额取决于货物的价值和配送区域，通常在1%-5%之间。

如果订单发生了物流损失，用户可以向保险公司索赔，保险公司会根据实际损失赔偿用户，赔偿金额也是根据订单金额的比例计算的，而扣除的费用则是在购买运费险时预先收取的保费。

因此，如果用户购买了抖店运费险，当订单发生物流损失时，可以通过申请赔付来获得赔偿，赔偿金额将根据订单金额与保险费的比例计算。