灵活就业本质上是一种自由职业形式，因此其所属的交税机构也比较复杂。一般来说，灵活就业者需要在社保局、税务局、个体工商户登记处、劳动就业局等相关部门分别进行登记并缴纳相关税费。

其中，社保部门需要缴纳养老、医疗、失业等保险费用，税务部门则需要负责所得税、增值税等税务申报。具体而言，不同的地区、组织和行业都有不同的要求和标准，需要灵活就业者自行了解并注册登记。