无菌室应保持清洁整齐，室内仅存放必须的实验用具，如酒精灯、酒精棉、打火机、镊子、接种针、接种环、记号笔等。不要放与检测无关的物品。此外，无菌室内的凳、工作台、试管架、天平、待检物容器或包装均无法进行灭菌，必须用其他方法进行消毒处理，采用75%酒精擦拭消毒，工作人员的手也用此法进行消毒。

在使用无菌室前，应将所有物品置于操作之部位（待检物例外），然后打开紫外灯杀菌30分钟，时间一到，关闭紫外灯待用。操作人员必须将手清洗消毒，穿戴好白大褂和鞋，才能进入无菌室。

无菌室地面、台面、其它表面每3日擦拭1次。操作台每日用75%酒精擦拭消毒，每次使用前准备好物品紫外灭菌30分钟后方可使用。从室外带入无菌室内的所有物品表面要用75%酒精或紫外照射预先消毒。

无菌室的标准要符合GMP洁净度标准要求，无菌室应采光良好、避免潮湿、远离厕所及污染区。面积一般不超过10m，不小于5m2;高度不超过2.4m。