是可以同时使用的；

在功能上，芽孢杆菌可以分解有机质，净化水质，降解氨氮、亚硝酸盐，同时还能够产生抑菌物质抑制有害菌的生长；乳酸菌能够分解有机质产生乳酸，同时能够抑制有害菌、蓝藻、甲藻的生长繁殖，在内服的时候。两种菌种能够促消化，防肠炎，促生长。