首先，两者的过滤效率不同。高效空气过滤器的过滤效率一般在99.97%~99.999%，而亚高效空气过滤器的过滤效率一般在85%~99.9%。因此，在过滤微小颗粒物和有害物质方面，高效空气过滤器的效果更好。
其次，两者的过滤原理也有所不同。亚高效空气过滤器主要通过初效过滤棉和亚高效过滤棉的组合来过滤颗粒物，而高效空气过滤器则通过初效过滤棉、亚高效过滤棉和高效过滤棉的组合来过滤微小颗粒物和有害物质。因此，高效空气过滤器在过滤原理上更为复杂，能够更彻底地净化空气。
总的来说，虽然亚高效空气过滤器在某些场合也有应用价值，但相比之下，高效空气过滤器的过滤效果更佳。