不包括。乌恰县位于新疆维吾尔自治区克孜勒苏柯尔克孜自治州。而喀什自贸区一般指中国（新疆）自由贸易试验区喀什片区，位于新疆维吾尔自治区喀什市。两者地理位置相隔较远，因此喀什自贸区不包括乌恰县。