要清除任天堂 3DS 上《口袋妖怪》游戏的记录并重新开始，请按照以下步骤操作：

在 3DS 主屏幕上选择“系统设置”。

选择“数据管理”。

选择“任天堂 3DS 软件”。

选择“清除游戏数据”。

选择要清除记录的《口袋妖怪》游戏。

选择“清除存档数据”。

请注意，此操作不可逆转，将删除所有保存的游戏数据。

清除记录后，您需要重新开始游戏。